Les textes cunéiformes sont clairs que le roi néo-babylonien Nabonide (r. 556-539 av. J.-C.) a élevé le statut de dieu de la lune Sin au détriment de la divinité protectrice de longue date de Babylone, Marduk, qui était le roi de toutes les divinités mésopotamiennes. Les propres inscriptions de Nabonide rapportent qu’il a affronté les puissants prêtres de Marduk, et des compositions écrites après la destitution du roi par le souverain perse Cyrus le Grand (r. 559-530 av.J.-C.) affirment que le peuple de Babylone a été scandalisé par le traitement du dieu par Nabonide. Si l’on en croit les textes, les Babyloniens étaient particulièrement consternés que Nabonide n’ait pas célébré les rituels du Nouvel An qui étaient au cœur du culte de Marduk et du maintien du rôle de Babylone en tant que ville principale de la Mésopotamie. Cyrus aurait restauré Marduk à sa juste place, mais il est probable que les gens d’autres anciennes villes mésopotamiennes telles que Nippur se soient souvenus d’une époque où Marduk lui-même était un interlope parmi les dieux. ”Nous devons nous rappeler que Marduk n’était pas toujours la grande divinité qu’il était connu sous le nom de période néo-babylonienne », explique Hanspeter Schaudig, assyriologue à l’Université de Heidelberg. « Il était lui-même autrefois un tueur de dieu.” 

Au troisième millénaire avant notre ère, Babylone était une petite ville obscure. Marduk était une divinité mineure aux origines tout aussi obscures qui semble avoir été associée à l’agriculture et aux canaux, et dont le symbole était une pique. Pendant cette période, Nippur était la ville la plus sacrée de Mésopotamie, et son dieu, Enlil, exerçait le pouvoir divin ultime. Mais au deuxième millénaire avant notre ère, en particulier sous le règne de Hammurabi (r. ca. 1792-1750 av.J.-C.), Marduk devint un dieu de plus en plus conséquent. Au fur et à mesure que l’influence de Babylone augmentait, il prit les pouvoirs et le nom d’Addu, un dieu de la tempête qui était la divinité protectrice de la ville d’Halab, aujourd’hui Alep. 

Vers la fin de son règne, Hammurabi a vaincu le souverain de la ville d’Eshnunna, qui avait été allié au peuple élamite qui vivait dans l’Iran moderne et représentait une menace constante pour la Babylonie. Dans le même temps, des textes cunéiformes célébraient la victoire de Marduk sur le dieu patron d’Eshnunna, Tishpak. Marduk s’est ensuite approprié le symbole principal de Tishpak, la bête hybride lion-dragon connue sous le nom de mušhuššu, ou « serpent furieux », avec lequel il serait associé pour le reste de l’histoire babylonienne. Les représentations de mušhuššu qui décoraient la célèbre porte d’Ishtar de la ville, construite plus de 1 000 ans plus tard, commémoraient toujours la victoire de Marduk sur Tishpak et celle de Babylone sur un allié important de l’Élam. 

Au XIIe siècle av.J.-C., Marduk a joué un rôle central dans une histoire de création mésopotamienne mise à jour connue sous le nom de Enuma Elish, que les comprimés cunéiformes ultérieurs conservent dans de nombreuses versions. Le récit standard de ce récit a légitimé la position du dieu en tant que dirigeant du panthéon divin autrefois dirigé par Enlil et explique comment Babylone a supplanté Nippur en tant que centre religieux le plus important de la Mésopotamie. Dans le mythe de la création, Marduk est un jeune dieu guerrier et la seule divinité prête à combattre avec Tiamat, la déesse de la mer et incarnation du chaos. En échange d’affronter Tiamat, les dieux acceptent de faire de Marduk le roi des dieux. Après avoir tué la déesse, Marduk revendique son trône et met de l’ordre dans le cosmos et crée le monde. Il fait de Babylone la première ville et abrite son temple d’Esagila, où Marduk a vécu sous la forme de sa statue sacrée. Cette version du Enuma Elish ignore complètement Enlil et sa ville sacrée de Nippur, effaçant le rival de Babylone de l’histoire de la création. 

Le statut de Babylone en tant que ville principale de la Mésoptomie a diminué et diminué, et elle a parfois été capturée par des puissances extérieures, événements dont les partisans de Marduk devaient rendre compte. Un texte connu sous le nom de Prophétie de Marduk raconte comment les Babyloniens irritaient parfois le dieu. Leur ville a donc été prise par des ennemis tels que les Hittites d’Anatolie et les Élamites, qui ont chacun « godnappé » Marduk en capturant sa statue sacrée et en la ramenant dans leurs capitales respectives. La prophétie fait référence à ces événements comme les voyages de Marduk, comme si le dieu avait choisi d’être emmené dans des pays étrangers. Ces séjours du deuxième millénaire av.J.-C. ont pris fin par le roi babylonien Nabuchodonosor Ier (r. ca. 1125-1104 av.J.-C.), sous le règne duquel la Enuma Elish peut avoir d’abord été écrit. Le roi a saccagé la ville élamite de Suse, a récupéré la statue de Marduk et l’a ramenée chez elle à Babylone, l’établissant à nouveau comme la capitale de la Mésopotamie à la fois terrestre et cosmique.